Mikrofiltrace se běžně používá v potravinářství ke stabilizaci nápojů (pivo, víno, ovocné šťávy), úpravě syrovátky či pitné vody. Ve farmacii se používá ke studené sterilizaci (surovin i produktů) a čištění fermentační kapaliny a produktů (např. proteiny). V metalurgii slouží ke zpracování disperzí a koloidních roztoků kovů. Často se používá jako předúprava pro UF a NF.

Mikrofiltrace může být dvojího uspořádání „dead end“, nebo „cross-flow“. Při dead end MF je proud kapaliny kolmý na povrch membrány, kapalina a menší částice prochází póry membrány, větší částice jakou zachytávány na membráně a tvoří filtrační koláč. V uspořádání cross-flow je proud kapaliny rovnoběžný s povrchem membrány, část kapaliny a menší částice prochází membránou, větší částice jsou odnášeny proudem kapaliny a postupně zahušťovány.

Mikrofiltrační membránové moduly se nejčastěji skládají z dutých vláken, dále mohou být ploché, trubkové nebo spirálně vinuté. Materiálově jde nejčastěji o polymery jako polyvinyliden fluorid, polyethylen, polypropylen, polysulfon, deriváty celulózy, nebo z anorganických materiálů jako sklo, alumina či směsi oxidu zirkoničitého a uhlíku, nebo z oceli.

Pro nápojový, především vinařský, průmysl dodáváme mikrofiltrační jednotku WFU-2.2 v cross-flow uspořádání. Slouží odstranění zákalu a mikroorganismů z vína před lahvováním, čili jako finální filtrace. V jednom stupni tak nahrazuje klasickou několikastupňovou deskovou či křemelinovou filtraci.